L’église Sainte Germaine de Calais est implantée selon un axe est-ouest, au cœur du quartier d'habitations du Pont-du-Leu, sur une parcelle qui comporte également le presbytère (non étudié). Elle est construite sur un plan en croix latine en retrait de rue. L'édifice se compose d'un chœur polygonal à chevet plat aveugle, éclairé de baies en plein cintre uniquement dans les parties hautes des travées droites du chœur. Les bras du transept sont englobés à l'est par les chapelles latérales et à l'ouest par les bas-côtés de la nef. Large de 8,80 m, celle-ci s'étend sur cinq travées. Son élévation, composée de grandes arcades et fenêtres hautes, fait culminer la voûte en berceau à 11 mètres de haut. À l'ouest un clocher porche permettait un accès direct à la nef. Désormais l'accès s'effectue par l'entrée latérale aménagée dans la première travée sud. Le bras nord du transept est prolongé hors œuvre d'une chapelle des fonts de plan polygonal.

L'ensemble est construit en brique. Leur couleur de cuisson témoigne des deux principales campagnes de travaux dont l'édifice a fait l'objet. Elles sont d'un coloris plus rouge en partie basse sous le radier d'attente en béton, et plus orangées et claires sur le reste de l'élévation.

Les toitures sont en ardoise à l'exception de celles des bas-côtés en terrasse et recouvertes de matériaux synthétiques d'étanchéité. La nef et le transept sont couverts de toitures à longs pans et croupes pour les bras du transept. Le chœur est couvert d'un toit avec croupe polygonale. Le clocher est quant à lui couronné d'un toit en pavillon. Enfin, la sacristie qui est adossée au pignon du bras sud du transept ne reçoit qu'une simple couverture en appentis de ciment amiante.

Un escalier hors-œuvre logé dans une tourelle polygonale adossée au clocher-porche permet d'accéder aux terrasses des bas-côtés et à la tribune de la nef.

À l'intérieur, les colonnes circulaires, les baies en plein cintre, la voûte en berceau en plein-cintre et les voûtes d'arête des chapelles latérales, ainsi que les fenêtres hautes en pénétration de la voûte de la nef, constituent autant de références à l'architecture néo-romane. L'ensemble des murs gouttereaux et des parties hautes de la nef sont animés d'un enduit strié de sillons courbes répétitifs et d'une frise en mosaïque alternant les tesselles vert, jaune et brun de 10,5 cm d'épaisseur.