L'édifice est reconstruit entre 1929 et 1931 sur les plans de Paul Clavier.
Comme souvent, l'architecte utilise pour la partie visible des matériaux traditionnels comme la brique. Ils sont à la fois moins couteux, faciles à obtenir (surtout au moment de la reconstruction de l'école car la production locale de briques a repris) et bien adaptés au climat. Ils ont aussi l’apparence rassurante de la tradition. Il n'hésite cependant pas à utiliser les matériaux nouveaux que sont le béton armé et le ciment pour leur mise en œuvre facile, leur résistance structurelle et leur faible coût. Le choix de faire une couverture "constituée d'une dalle de béton armé à double pente avec revêtement de callendrite et chape de protection en ciment permettant la circulation" (devis descriptif, p. 2) est extrêmement novateur surtout dans un toit à double pente. Cependant à l'intérieur comme à l'extérieur, lorsque ces matériaux sont dans des endroits trop visibles, l'architecte n'hésite pas à les habiller de carrelage, de plancher ou de silexore pour en cacher, ou tout au moins, en modifier l'aspect.
La très forte signature art déco sur la façade (symétrie, verticalité soulignée par pilastres cannelés engagés, juxtaposition resserrée des fenêtres…) fait partie des très rares manifestations de ce style à Bapaume. Ce choix esthétique traduit sans doute la volonté des commanditaires de montrer que cette école dont l'architecture s'inscrit dans la modernité délivre un enseignement lui aussi moderne et adapté au monde de l'après-guerre. Il est aussi intéressant de noter que la façade, bien que totalement neuve, s'inscrit dans l'histoire du bâtiment en reprenant le rythme ternaire de la façade de la caserne Vauban. Enfin, l'architecte prend soin d'apporter une touche régionaliste flamande en rythmant les façades longitudinales et celles du pavillon par des pignons pas de moineaux. Bien que ces derniers aient disparu lors des restructurations de 1959 et 2012, la nouvelle construction a conservé la référence flamande en surmontant une partie du nouveau bâtiment d'un pignon à redents achevé par un fronton en plein cintre.
A l'intérieur du bâtiment, seul le motif de la rampe d'appui de l'escalier en fer forgé est représentatif de l'art déco. Le départ de rampe n'est pas sans rappeler l’Empire State Building construit au même moment à New-York. Si le sol en terrazo, devenu habituel dans les bâtiments publics et les logements sociaux de l'entre-deux guerre, est encore à l'époque assez nouveau, le reste de la décoration intérieure est beaucoup plus classique : lambris en chêne et staff pour les espaces de prestige (parloir, bureau du directeur et chapelle). Elle est la preuve du sérieux de l'établissement.
L'architecte fait preuve de quelques libertés par rapport aux règles de construction scolaire : le bâtiment comporte plusieurs étages et non un unique rez-de-chaussée, c'est un couloir central qui dessert toutes les salles de classes (et non pas un bâtiment en simple épaisseur avec des classes ouvrant toutes sur l'extérieur comme cela est recommandé)... il retient cependant quelques préconisations comme le sol en terrazzo ou les murs en matériaux locaux.
L'architecte n'a à priori rien construit d'autre à Bapaume. Les archives du Pas-de-Calais conservent néanmoins un projet de sa main pour un projet non réalisé d'école rue de la Liberté (AD 10R9/44). Bien que ce projet soit beaucoup plus classique (utilisation des calepinages de brique pour créer les décors de la partie haute de la façade, toiture à longs pans brisée, soubassement en pierre ou ciment), il y a quelques points communs stylistiques avec l'école Saint-Jean-Baptiste, en particulier dans l'aspect moderne donné à la façade grâce au jeu très géométrique des damiers de briques dans les pleins de travée qui se poursuit dans le remplage des baies rectangulaires. Ce projet ne montre revanche aucune référence régionaliste.
La Société Immobilière du Pas de Calais a, de son côté, été le maître d’œuvre d'autres bâtiments dans Bapaume, pour lesquels elle a fait appel à des architectes différents : Bidard pour la salle de spectacle (église provisoire - 10R9/72) et Eugène Rousseau pour le presbytère (10R9/96), tous les deux travaillant pour ces projets hors de la coopérative à laquelle ils étaient rattachés.
