L'origine de l'église est liée à celle du château dont elle aurait été la chapelle. Le chœur est construit en 1584 (L. Graves, 1836). La présence de remplages typiques du gothique flamboyant dans les baies concorde avec cette attestation.
Au 19e siècle, l'église profite d'importants travaux. Vers 1830, la nef est reconstruite à l'initiative du maire de Choqueuse, Jean-François-Benjamin Levesque, qui achète des matériaux issus de la démolition du château de Catheux en 1828 (E. Tribout, 2011). À la même période, le clocher qui se trouvait au centre de l'église, est déplacé au-dessus du portail, et les toitures sont couvertes en ardoises d'Angers (Archives de l'association pour la conservation des Croix et Calvaires du Beauvaisis). Dans la seconde moitié du 19e siècle, les travaux portent sur la sacristie, édifiée en 1873, et sur le clocher, reconstruit en 1889 (AD Oise, archives communales de Choqueuse-les-Bénards).
De nouvelles campagnes de travaux, subventionnés par le Conseil Départemental s'ouvrent à partir des années 1970: électrification de l'édifice (1973), réfection des toitures (1981-1982), restauration des murs extérieurs - avec renforcement des fondations de la nef (1997-1999) - et intérieurs (2002).
Photographe au service de l'Inventaire du patrimoine culturel de la région Hauts-de-France (2023).