L'histoire du château de Choqueuse remonte au Moyen Âge lors de l'établissement d'une forteresse dont la forme du logis actuel conserve la trace. L'état actuel des connaissances n'a pas permis de remonter à la construction de ce premier château fort et de retracer son histoire. Il aurait été rasé deux fois au cours de la période médiévale (témoignage oral). De cette époque, il reste les deux niveaux de cave, dont un permettait l'accès à un souterrain-refuge. Le logis actuel ainsi que l'ancienne écurie et réserve à avoine remontent certainement au 17e siècle, contemporain du blason de la famille des Essarts, sculpté sur le pilier gauche du portail d'entrée. La seigneurie de Choqueuse est entrée dans cette famille à la suite du mariage de Marie de Paillart (héritière des terres de Choqueuse) avec Antoine des Essarts, seigneur de Lignières, dans les années 1560.

En 1670, François des Essarts de Lignières vend la seigneurie de Choqueuse à Jean-Baptiste Le Caron, écuyer, sieur d'Ambreville, conseiller du roi et magistrat au baillage et siège présidial d'Amiens. La ferme et ses terres sont toujours dans la même famille aujourd'hui et gérées par des fermiers. Ceux-ci ont habité le logis de la ferme dès le milieu du 18e siècle. Parmi ces derniers, François Dannelle (dont le tombeau se trouve dans le cimetière), fils de Pierre Dannelle, laboureur à Croissy qui contracte le bail de la ferme en 1766. Il se marie avec Marie-Rosalie Hucher, fille de Jean-François Hucher, meunier au Hamel. Ce couple acquiert plus tard un des moulins de Fontaine (au n°57 Grande Rue, commune de Fontaine-Bonneleau). En 1796, leur fille Marie-Rosalie se marie avec Jean-François-Benjamin Lévêque, propriétaire de la ferme Souday (ferme au n°3 rue Babeur). Elle est la seule héritière de la ferme du château. Les deux fermes les plus importantes de Choqueuse-les-Bénards sont ainsi entre leurs mains.

La première source importante qui rend compte de l'organisation de la ferme avant les années 1850 est le cadastre napoléonien de la commune dressé en 1833. Le plan a peu évolué par rapport à son état actuel. Le logis ainsi que le bâtiment en brique et pierre situé à l'est de la parcelle sont visibles. Des bâtiments agricoles en équerre s'organisent autour de la cour. À côté de la mare, un bâtiment carré laisse supposer la présence d'un colombier, mentionné par ailleurs dans le bail accordé à François Dannelle en 1766.

Après la mort de Jean-François-Benjamin Lévêque, la ferme est louée à M. et Mme Grimoin en 1850. Entre les années 1850 et 1860, les bâtiments de la ferme sont reconstruits: la grange (date portée de 1857), ainsi que l'ensemble des bâtiments de la cour (porcheries, remises, bergerie, étables, pressoir), élevés sur les fondations des anciens bâtiments. L'autre document permettant de retracer l'histoire des constructions est l'inventaire après décès établi en 1863 après la mort de Marguerite-Aurélie Grimoin qui décrit différents bâtiments de la ferme. Les plus récents sont dits "neufs" (grange, charreterie, galeries), tandis qu'il est possible d'identifier une bergerie dans la "cour du château" (actuellement remises, en face du logis). La grange dite "en pierres" semble correspondre au bâtiment situé à l'est de la parcelle.

Après le décès des Grimoin, Arthur et Angèle Baticle deviennent fermiers de Choqueuse, jusqu'en 1936. La ferme est ensuite cultivée par la famille Polart. La propriétaire actuelle en est la descendante. Les porcheries, encore visibles sur les photographies du 1er quart du 20e siècle, ont disparu au cours de ce siècle. Au début des années 2000, des hangars agricoles modernes ont été construits à l'ouest de la cour. La mare a disparu il y a deux ans.