À la fin du XIXe siècle, trois projets de port sont évoqués pour être implantés le long du tracé du canal du Nord, dont l’un à Marquion.

Les archives du Conseil Général du Pas-de-Calais (AD Pas-de-Calais ; S 651) conservent les différents procès-verbaux et les courriers des communes périphériques concernées par la construction du site de Marquion. Les discussions portent essentiellement sur l'importance du coût et le financement des travaux. L’État doit contribuer pour moitié, l'autre moitié étant supportée par les communes périphériques concernées par l'implantation du port. De nombreux débats évoquent alors la difficulté pour ces communes d’engager de telles dépenses en raison du contexte géologique et géographique du secteur (caractère marécageux du territoire).

Sur les quatre ports recensés sur l'actuel canal du Nord, seul le port de Marquion est en lien direct avec ce dernier. Il est en effet le seul à avoir été construit sur son tracé. Les trois autres ports recensés préexistent à sa création :

- le port de Pont-l'Évêque (Oise), relié au canal latéral à l'Oise,

- le port de Péronne (Somme), en relation avec le canal de la Somme (dont le canal du Nord emprunte une section sur plusieurs kilomètres),

- le port d'Arleux (Nord), connecté au canal de la Sensée.

Le projet de 1909

Le plan projeté de 1909 envisage la réalisation d'un ouvrage portuaire positionné en embranchement. Cette configuration permet de relier directement le port avec le site ferroviaire de Marquion et de permettre des échanges multimodaux de matières premières (céréales, charbons, etc...). La Première Guerre mondiale stoppe bientôt ce projet, difficilement finançable. En 1914, la cuvette du canal elle-même n'est alors qu'à peine creusée sur ce secteur.

1964. La construction du port

Il faut attendre 1964 pour que le projet du Port de Marquion soit relancé lors de la reprise du chantier du canal.

L'analyse spatiale, réalisée à partir des campagnes photographiques de l’Institut Géographique National (IGN) et du cadastre, permet de repérer la préexistence d'une maison de service, implantée à proximité direct du futur port de Marquion. Il s'agit sans doute d'une première construction en lien avec le projet du port de 1909.

La cuvette du canal est quant à elle construite entre 1957 et 1965. À cette occasion, une aire de retournement pour les péniches est implantée directement au nord du port. Un quai de stationnement s'y ajoute pour faciliter le passage des péniches en attente à l'écluse n°2 de Marquion (150 m plus au sud).

Les véritables travaux d'aménagement du port sont lancés dans les années 1970. Le port s'installe le long des berges du canal, et non plus en dérivation comme initialement prévu en 1909.

C'est entre 1974 et 1980 que que les anciens Établissements Carré (spécialisés dans la collecte, le stockage et le négoce de grains) installent leurs différents bâtiments sur la rive ouest du site. Un quai en béton de deux cents mètres de long est ainsi créé pour permettre le chargement des céréales. Dans les années 1980, un autre site de stockage de céréales en silos est construit rive est (coopérative UNÉAL) avec la création d'un quai d'une centaine de mètres de long. Le quai de stationnement des péniches est transformé à la suite en zone de transbordement et de stockage de matériels. Enfin, l’installation du petit bâtiment du Club Nautique de l’Agache sur la rive ouest en 1991 voit la création d’un appontement mobile et flottant dédié aux activités nautiques. Une ancienne péniche type « canal du Nord », mise hors d'eau sur cale sèche, sert de zone de stockage au Club Nautique. L'ancienne maison de service située à proximité du canal est aujourd'hui le siège d'une unité administrative des VNF pour la gestion de ce secteur territorial.

À l'avenir, en lien avec le percement du canal Seine-Nord Europe, le port de Marquion devrait accueillir une plate-forme multimodale.