Sous l'Ancien Régime, la paroisse de Bettencourt relevait du diocèse et de l'archidiaconé d'Amiens, et du doyenné de Vignacourt. La cure était à la présentation du titulaire du personnat. La dime était partagée en trois tiers entre deux chapelains de la cathédrale d'Amiens, le titulaire du personnat et le collège d'Amiens. Une chapelle dédiée à saint Jean-Baptiste est mentionnée dans l'église en 1789.

Après le Concordat, l'église adopte le statut d'église succursale. L'édifice est connu par deux dessins de Louis Duthoit. Il est alors formé de trois parties, un clocher-porche probablement construit au 13e siècle, une nef de trois travées et un chœur plus élevé à chevet plat et pignon découvert, datant probablement du 16e siècle. Au nord du chœur prend jour par deux arcades une chapelle rectangulaire à deux travées, qui est peut-être celle mentionnée sous le vocable de saint Jean-Baptiste.

L'église étant devenue vétuste et trop petite pour accueillir l'ensemble des fidèles, le conseil municipal du 2 janvier 1848 décide sa reconstruction d'après les plans et devis de Charles Demoulins, architecte à Doullens (date figurant sur l'entablement de l'abside). Le clocher, en façade, est conservé tandis que l'emprise au sol est étendue en partie postérieure grâce à l'expropriation, en 1849, d'une maison et de son jardin (parcelles A318, 320 et 321). L'édifice est déjà achevé en février 1850, pourvu d'un autel, d'une chaire à prêcher et de bancs, et agrémenté de peintures dans le chœur. Son aspect est connu précisément par la peinture murale du chœur réalisée peu après, ainsi que par une aquarelle d'Oswald Macqueron de 1866, conservée à la bibliothèque municipale d'Abbeville.

Endommagée durant la Première Guerre mondiale, la façade occidentale est reconstruite en 1929 (date portée sur l'entablement), sur le projet de Louis Raquet, architecte à Amiens, daté du 1er mars 1928, qui prévoit la suppression de la tour-clocher. Le 15 juin 1930, le conseil municipal confie la construction du clocher-mur à l'entrepreneur Dubourguier de Flixecourt.

L'ancien cimetière qui entourait l'église a été transféré à l'extérieur du village en 1928. La croix de cimetière médiévale en pierre, disparue probablement à cette époque, est connue par plusieurs dessins et photographies.

Le mur qui entourait le cimetière a également été détruit après la translation.