Un collège de Jésuites s’installe à Maubeuge en 1616 grâce à Françoise Bruneau, veuve du bailli du chapitre de Sainte-Aldegonde. Le collège et la chapelle sont construits par l’architecte Jean de Block et sont consacrés en 1624. Le portail de la chapelle de style baroque est ajouté en 1631 (SIVÉRY, 1984).

En 1694, le collège est agrandi par la construction d'une nouvelle aile (inscription du pavillon central de l'aile ouest).

Le collège devient le collège royal de Maubeuge en 1765, comme l’atteste l’inscription sur le portail de l’aile est ("COLLEGIUM REGIUM MALBODIENSE 1765"). Le collège devient alors un lieu de recherche scientifique pour le Génie Militaire. Pendant la Révolution française, le physicien Ernest Coutelle (qui donne son nom au collège au XXe siècle) utilise un ballon pour surveiller le mouvement des lignes ennemies notamment pendant la bataille de Fleurus en 1794.

L'école pratique de commerce et d'industrie de Maubeuge, créée en 1902, est d'abord installée dans le collège communal avant de bénéficier de ses propres locaux route de Mons (voir Ancienne école pratique de commerce et d'industrie de Maubeuge, puis collège Budé, actuellement Conservatoire municipal de musique (IA59001549))

Le collège devient communal au cours du XIXe siècle. L’aile ouest est détruite lors des bombardements du siège de Maubeuge en septembre 1914 (Le Monde illustré, hors-série, 1921). En 1922, au lendemain de la guerre, cette aile est reconstruite sur les plans de l’architecte Jean Lafitte (AD Nord, série O ; 2 o 396 liasse 674).

Le collège actuel se situe dans un bâtiment construit dans la seconde moitié du XXe siècle, plus à l’ouest, et les bâtiments de l’ancien collège abritent aujourd’hui le pôle Henri-Lafitte qui regroupe les activités culturelles de la ville de Maubeuge.