L'édifice actuel a été construit dans les premières décennies du 19e siècle près de l'emplacement du premier presbytère, connu par sources dès 1716 par le biais d'une ordonnance de justice et l'inventaire des biens réalisé en 1725 lors du décès du greffier Pierre Séau. Il est vendu à la Révolution comme bien national. Jusqu'en 1852 la commune de Coingt ne possède plus de presbytère. Celui-ci fut légué par Marie-Jeanne Elisabeth Séau, bienfaitrice de la commune, qui finança la reconstruction de l'église et la mise en place à Coingt d'un bureau de bienfaisance. Dans son testament de 1850, elle alloue une somme destinée à l'entretien et à la couverture en essentage d'ardoise de cet édifice qui en était dépourvu. Il s'agissait originellement d'une maison d'habitation. Le legs de la maison et de son jardin est accepté en 1852. Ce logis fait l'objet de travaux de 1874 à 1875, en particulier des réparations sur la façade antérieure. A partir de 1919, le presbytère est loué comme un logement communal. Ses dépendances agricoles ont depuis disparu. L'appentis qui sert de garage sur son côté ouest est une adjonction datant de la 2e moitié du 20e siècle.