La fondation de l´hôtel-Dieu de Noyon résulte d'une double initiative : l'une émanant de l'évêque Renaud, qui concéda, en 1178, le vieil hôpital Saint-Germain, situé au-delà du rempart (rue de Wez, actuelle rue Abel-Lefranc), qui tombait en ruine et était mal gouverné ; la seconde venant de Jean de Saint-Eloi et de sa femme Adèle, qui donnèrent en 1180 un terrain voisin de l'ancien bâtiment pour y reconstruire un nouvel hôpital (en échange ils étaient libres de s'y retirer jusqu'à leur mort). L'autorisation fut donnée cette année-là par Philippe Auguste qui permit ainsi l'édification du nouvel établissement placé sous le patronage de saint Jean-Baptiste, puis de saint Eloi, pour devenir enfin l´hôtel-Dieu.

L'évêque le dota en personnel de cinq prêtres, deux clercs, cinq frères et treize soeurs qui embrassèrent la règle de Saint-Augustin. Au début du 13e siècle, l´hôtel-Dieu de Noyon est cité comme l'un des plus remarquables établissements hospitaliers. Il prit une importance considérable au 13e siècle, après avoir reçu des dotations importantes de saint Louis et surtout, en 1278, de Marie de Brabant, seconde femme de Philippe le Hardi. Ces revenus permirent de restaurer et d'étendre les bâtiments. Il souffrit gravement des incendies de 1552 et 1557. En 1633, Le Vasseur le décrit en ces termes : "Cette maison en ruines avait trois pignons, celui de la grande chambre, celui du dortoir plus élevé de six pieds et celui de l'église qui le surpassait en hauteur. La salle des pauvres est demeurée en son lieu".

Une réforme s'imposait au 17e siècle. Ainsi, le 11 mars 1638, les six religieux de l´hôtel-Dieu abandonnèrent, l'administration de leur maison aux évêques, maire, et échevins de Noyon, à charge d'une pension viagère. Ils furent remplacés par quatre religieuses réformées hospitalières, chanoinesses de Saint- Augustin venant de Saint-Nicolas de Pontoise. Aux termes de ce concordat, approuvé par arrêt du Conseil du roi en 1640, ces dernières devaient créer une apothicairerie pour y faire les médicaments nécessaires, une "salle séparée de celle qui est à présent pour mettre en l'une d'icelles les hommes et en l'autre les femmes" et "deux chambres commodes dans l'étendue et l'enceinte de la maison pour loger lesdits Philippon et Le Plat, moyennant quoi ils seront tenus de laisser le grand corps de logis de la grande porte". Il s'agit vraisemblablement du bâtiment neuf construit en 1628, décrit par Le Vasseur.

Tous ces travaux furent sans doute réalisés puisqu'en 1645, cinq ans avant la visite de saint Vincent de Paul à Noyon, les religieuses, pour une meilleure salubrité, faisaient paver la rue de l'hôtel-Dieu.

Enfin, vers 1760, les religieuses firent construire, près de la porte de Wez, un grand bâtiment en pierre où elles établirent un pensionnat de jeunes filles, qui fut dévasté pendant la Révolution.

Après la Révolution, la gestion de l'hôtel-Dieu fut confiée, de 1820 à 1850, aux sœurs de Saint-Vincent-de-Paul. Après avoir été réuni à l'hôpital général en 1850, l´hôtel-Dieu fut acheté en 1855 par la ville pour être transformé en école et en maison de charité. Cette nouvelle affectation entraîna la démolition de la salle des morts, près des remparts, des celliers de l'ancienne pharmacie, des salles de bains et cuisine de l'ancienne salle des malades. En 1841. Daniel Ramée, alors architecte de la cathédrale, signale également que, "par suite de projets d'agrandissement à l´hôtel-Dieu de Noyon, une ancienne et jolie tour du commencement du 15e siècle est menacée de démolition [...]. Cette tour n'a paru d'aucune valeur archéologique à M. l'architecte des hospices. On m´a dit, cependant, qu'il avait demandé aux administrateurs de l'hôtel-Dieu de lui donner la jolie porte d'entrée qui la décore ainsi que la fenêtre et les cordons [...] ".

L´incendie de la ville en 1918 anéantit cet ensemble hospitalier (transformé en école maternelle en 1882), à l'exception du petit cloître en fort mauvais état toutefois. Ce dernier fut sauvé grâce à l'initiative de la conférence des Sociétés savantes réunie à Beauvais en 1925, qui attira l'attention du Directeur des Beaux-Arts sur le monument appelé à être prochainement détruit pour faire place à une école.

Les travaux de restauration dirigés par André Collin, architecte en chef des monuments historiques, chargé de l'Oise après la guerre de 1914-1918, ne sont entrepris qu'en 1930, et s´étalent en plusieurs tranches jusqu´en 1938, date à laquelle ils sont confiés à Gabriel Brun.

L'édifice est connu par la description de François de Guilhermy, qui visita Noyon en 1836, 1852, et 1856 : "Dans une première cour une tour ronde assez élevée du 15e siècle, appareil en carrés alternés de brique et de pierre de taille ; porte de style gothique ornée de sculptures. Cette tour contient un escalier à vis. Une autre cour est environnée d'un cloître carré 17e percé de dix arcs cintrés dans un sens et de six dans l'autre, galeries voûtées de pierre à bandeaux croisés et pilastres doriques. Petite chapelle du même temps surmontée d'une flèche de charpente. Une première partie de la chapelle est basse et plafonnée avec tribune au-dessus. Une seconde plus haute également plafonnée se termine par une abside à trois pans. Toutes les fenêtres sont cintrées".

Grâce à différents plans réalisés au milieu du 19e siècle et à quelques cartes postales antérieures à 1918, on peut se faire une idée de l'organisation spatiale et de la distribution des bâtiments.

L'hôtel-Dieu était divisé en deux parties. La partie réservée aux malades encadrait la grande cour et se composait sur rue d'une salle des malades médiévale prolongée d'une seconde salle pour séparer les hommes des femmes ; toujours sur rue elle comportait aussi des salles annexes telles que deux laboratoires, une salle de pansement et une pharmacie. Perpendiculairement à cet ensemble, de part et d'autre de la cour, étaient disposés la cuisine, un ouvroir ou manufacture et une grande salle à vocation indéterminée. Les bâtiments de la communauté religieuse s'organisaient autour du cloître, qui distribuait au sud la chapelle, le logement du desservant et la sacristie.