La seconde chapelle implantée au sud de la nef est la première des quatre chapelles de la nef à avoir été construite. Elle est en outre restée l'unique chapelle de la nef jusqu'aux années 1730.

Elle est bâtie peu avant 1313, par la volonté de l'évêque Guy de La Charité (1296-14 juillet 1313). Le chanoine Cabaret rapporte que ce prélat éprouvait une intense dévotion pour le roi Louis IX ou Saint Louis, canonisé en 1297, et qu'il avait assisté à la translation du chef du pieux monarque à la Sainte-Chapelle de Paris en 1306. Selon le même auteur, c'est en 1308 que l'évêque fonde et fait entreprendre à la cathédrale la construction d'une chapelle placée sous l'invocation de saint Martin et de Saint Louis, deux saints protecteurs du royaume. Il s'agit de la première chapelle dédiée au saint roi dans le diocèse de Soissons. L'évêque accorde également un revenu de 20 livres pour entretenir un chapelain. Cette chapelle, qui est ménagée entre deux contreforts du collatéral sud de la nef, est voisine de la porte qui, à cette époque, fait communiquer l'évêché avec la nef de la cathédrale.

L'inventaire des papiers du chapitre, dressé à la fin du 18e siècle, conserve le souvenir de la fondation par le chanoine Jean de Belleu, d'une chapellenie en l'honneur de Dieu, de la Sainte Vierge et de saint Martin dans cette chapelle, fondation agréée par le chapitre par acte capitulaire du 7 décembre 1325 (quoique Dormay place la fondation de cette chapellenie à l'autel du Sépulcre). Le même registre mentionne en mai 1490 la fondation au même autel et la dotation par l'évêque Jean Milet, d'une chapellenie sous l'invocation de la Sainte Trinité, saint Martin et Saint Louis.

Aucune information précise ne nous est parvenue sur l'ameublement et le décor de cet espace, ou sur l'apparence de sa clôture. On peut juste supposer que cette chapelle, vouée à sainte Barbe au 16e siècle, subit de graves dommages en 1567-1568, comme toute la cathédrale, lors de la prise et de l'occupation de la ville par les protestants.

Il faut attendre le deuxième quart du 18e siècle, pour que plusieurs chanoines, sans doute stimulés par la construction d'une chapelle limitrophe dédiée au Sacré-Cœur de Jésus, se consacrent à renouveler l'ameublement et le décor de la chapelle, dédiée cette fois à saint Michel. Les chanoines Regnault, Gosset et Labouret offrent l'autel, le lambris et la grille, travaux que l'on peut placer aux alentours de 1730, date de commande de la clôture en fer forgé au serrurier Nicque. En 1740, le chanoine Michel de Chastenet de Puységur donne le tableau et la garniture d'autel, composée d'une croix et de chandeliers d'argent.

Consacrée à saint Joseph au début du 20e siècle, la chapelle a accueilli une statue de ce saint sur son autel. depuis 1909 et jusqu'au début du 21e siècle, elle a abrité une statue de Jeanne d'Arc (sur un modèle de Desvergnes), acquise à l'occasion de la béatification de l'héroïne. L'ensemble a profité de restaurations après la Première Guerre mondiale.

Contrairement à la majeure partie du sol de la cathédrale, le dallage de cette chapelle paraît avoir conservé plusieurs de ses dalles funéraires. Le gisant du chevalier Jean de Conflans, mort en 1367, était placé dans un enfeu (d'après Berlette) et avait été masqué au 18e siècle par le lambris de chêne. Le gisant mutilé, redécouvert à une date inconnue, se trouvait encore dans un magasin de la cathédrale vers le milieu du 19e siècle. Il subsistait alors la représentation du défunt en armure, accompagné de deux anges (brisés) et d'une épitaphe que les auteurs du 19e siècle restituent tous différemment. Ce gisant a été déposé au musée municipal de Soissons vers la fin de 1866 ou dans les premiers mois de l'année suivante. De ce tombeau, il ne subsiste actuellement dans la chapelle qu'une dalle encastrée dans le sol, portant le nom "Conflans" gravé. Le pavement renferme aussi plusieurs éléments d'une belle dalle à effigie gravée du 14e siècle (?) qui a été en plusieurs parties et dont l'élément le plus important est partiellement masqué par le marchepied de l'autel. Il s'y trouve enfin les dalles usées des chanoines Michel Regnault (mort en 1755) et Michel de Chastenet de Puységur (mort en 1765) qui avaient contribué à la décoration de cette chapelle dédiée à leur saint patron, et y furent inhumés.