Le hameau s'est formé sur un ancien chemin de Domart-en-Ponthieu à Ribeaucourt, que rejoint à cet endroit le chemin de Fransu traversant encore l'enclos du manoir. Les terrassements circulaires décelés par l'archéologie aérienne, qui pourraient dater du premier âge du fer, ainsi que la découverte de poteries gallo-romaines dans un tumulus, près de l'actuel étang, attestent une occupation ancienne du site. À la fin de l'Ancien Régime, la route des postes d'Amiens à Auxi-le-Château empruntait le chemin de fond de vallée par Houdencourt. Du reste, la section de ce chemin entre Houdencourt et la R.D. 66 porte toujours le nom de chemin des Postes.

Bien que relevant du territoire de l'ancienne paroisse de Fransu, Houdencourt a formé jusqu'à la Révolution un domaine féodal distinct. Le hameau s'est développé à partir du 11e siècle, probablement après le défrichement d'une partie de l'ancienne forêt de Goyaval, autour du domaine seigneurial dont il dépendait. L'ancienne chapelle seigneuriale du 16e siècle a été ouverte aux habitants du hameau à partir de 1684.

Selon le plan cadastral de 1833, le hameau comptait une quinzaine d'habitations, construites pour la plupart le long du chemin de Ribeaucourt. La chapelle était érigée sur la place séparant le château du presbytère et des autres maisons. Une croix en fer forgé a été dressée à la fin du 19e siècle par les soins de la famille Roussel. Les recensements de population indiquent la présence de 17 maisons et 60 habitants en 1851, 15 maisons et 63 habitants en 1872, enfin 10 maisons et 38 habitants en 1881.

Dès la fin du 19e siècle, le hameau avait déjà été déserté par ses habitants, à l'exception des occupants du manoir, et seules quelques maisons subsistaient. En 1906, il ne reste que le manoir habité par la famille d'Hippolythe Jérosme.

Le presbytère est occupé de 1833 à 1891 par l'abbé Charles Albert Antoine Dorémus, curé de Fransu et de Houdencourt ; il est cédé en 1907 à la famille Jérosme, propriétaire du manoir, qui l'occupait déjà. La chapelle, ruinée, a été détruite par mesure de sécurité en 1983. Le manoir, dont le logis a été très endommagé par un incendie en 1987, a été relevé de 1994 à 1997, et forme aujourd'hui le seul témoignage important de l'ancien hameau.