Un premier moulin hydraulique est fondé au début du 12e siècle, à la même époque que l'abbaye bénédictine dont il dépendait. Selon la déclaration des biens de l'abbaye en 1790, le moulin est un moulin à blé, affermé depuis 1786 à Dominique Binet pour la somme de 700 livres. Sous la Révolution, il est vendu à son exploitant, Dominique Binet. L'établissement reste dans la même famille jusqu'en 1864, date à laquelle le moulin de Berteaucourt passe à la famille Froidure, qui possédait auparavant le moulin de Pernois. La vente du moulin et l'arrivée d'un nouveau propriétaire entraînent la construction de nouveaux bâtiments et un remaniement important du site, qui conserve cependant le même usage industriel. Parmi les bâtiments nouvellement construits figure le logement, portant les initiales B.G., correspondant vraisemblablement à celles de l'entrepreneur de maçonnerie, et la date de 1864.

Après la Première Guerre mondiale, la veuve d'Aimé Froidure, Emelina Renouard, meunière et boulangère, revend le moulin à Paul Crépin. En 1918, ce dernier procède à une modernisation des équipements : la roue et les meules sont remplacées respectivement par une turbine hydraulique et des cylindres broyeurs, pour devenir une des rares minoterie de la vallée de la Nièvre fonctionnant durant l'entre-deux-guerres. L'établissement cesse son activité en 1940. Les bâtiments sont alors transformés en habitation et la plupart des équipements techniques sont démontés.