Le nom de Fréchencourt est mentionné sous sa forme française dès le 12e siècle (Freselcurt, 1164). C'était au Moyen Age le siège d'une seigneurie (Drix de Waullincourt, sire de Fréchencourt en 1283) qui appartient ensuite aux seigneurs de Contay.

Le château actuel date du 19e siècle, mais il a repris l'emplacement du château ancien, au sommet de la colline dominant la vallée de l'Hallue. En revanche, le centre ancien du village se trouvait bien plus bas, sur le site de l'actuelle mairie-école : là s'élevaient l'église et le presbytère, et jusqu'au milieu du 19e siècle la plupart des habitations.

Ce centre est aujourd'hui plus dispersé le long de la Grande rue, depuis la reconstruction de l'église à mi-hauteur (1864).

Un moulin à vent fut construit en 1819 en haut de la colline, entre Fréchencourt et Saint-Gratien, par Victor Boinet fils, maître charpentier à Amiens, pour le meunier Firmin Demetz.