Le village est mentionné dès 1279 sous le nom de Cardonnelle. Au Moyen Age, la seigneurie de Cardonnette, qui relevait de Picquigny, se divisait en deux parties : l'une appartenait au chapitre de Saint-Martin de Picquigny, l'autre à un seigneur laïc, dont le plus anciennement connu est Adam de Cardonnette (1222). Cette seigneurie passa en mains illustres à la fin de l'Ancien Régime : appartenant tout d'abord à la famille de Saveuse au 17e siècle, elle passa ensuite par mariage dans les familles de Montmorency, puis de Lorraine. Mais Cardonnette ne présente aucun vestige de château. L'ensemble du village date des 19e et 20e siècle, y compris l'église, reconstruite en 1895 par Ricquier. Tous les édifices sont concentrés dans le village : le seul écart attesté au Moyen Age sur le terroir de Cardonnette, une maison à Douville-lès-la-Cardonnette qui dépendait du prieuré de Saint-Denis d'Amiens, a été ruiné au 15e siècle. Une des causes de cette concentration de l'habitat est sans doute la rareté de l'eau, qui poussa à la création de mares et de puits communaux tout au long du 19e siècle : il existait cinq mares en 1884 (toutes comblées aujourd'hui), deux puits avaient été creusés en 1819 et un troisième le fut en 1843. Le village possède en outre deux croix en fonte datées : l'une de 1852 (au coin de la rue d'Artois et de la rue de Picardie), l'autre de 1849 (érigée lors d'une épidémie de choléra, à l'entrée du village).