Avant sa reconstruction au 19e siècle, l'église de Flesselles occupait le même emplacement mais l'édifice était plus petit. Il portait la date 1573. La nef était de style gothique flamboyant. Un clocher carré s'élevait en façade. Au milieu du 19e siècle, cette ancienne église était très dégradée. Elle fut donc reconstruite sur les plans de Victor et Paul Delefortrie, architectes à Amiens. Les travaux furent adjugés à l'entrepreneur Louis Duhamel, de Vignacourt, en 1868. Ils coûtèrent environ 115 000 francs. Une plaque apposée à l'intérieur de l'église indique les dates de la reconstruction : de 1869 à 1871.