L’ancienne église de Boncourt (antérieure au XVIIIe siècle, époque de reconstruction de l'église actuelle) figure dans les albums de Croÿ (début XVIIe siècle) et y est décrite ainsi : "Petite église en pierre (?) et couverte de tuiles. Façade triangulaire surmontée d’un campenard [clocher-mur], vaisseau d’au moins trois travées".

L'érudit local Roger Rodière (1870-1944) apporte quelques éléments d’histoire sur l’église Saint-Pierre de Boncourt. Avant la Révolution, l’église était une annexe de la paroisse de Laires. À partir de 1822, elle devient une annexe de la paroisse de Fléchin. L’église actuelle semble datée de la fin de du XVIIIe siècle, bien que certaines pierres portent les dates de 1586, 1682 et 1724 (dates non retrouvées lors de la visite de terrain). D’après la tradition orale, rapportée par le registre historique de paroisse, le marquis de Trazegnies, châtelain de Bomy, finance la reconstruction de l’église. Ayant remarqué que la nef n’était pas correctement alignée avec le chœur, il demande que la nef soit refaite. La nef fut cependant laissée en l’état. Encore aujourd’hui, le non-alignement de la nef avec le chœur se remarque depuis l’intérieur de l’église.

En 1795, l’église est vendue comme bien national à Hubert Patou qui démonte les pavés et mosaïques de l’église à la recherche d’un trésor. N’ayant rien trouvé, il rend l’église aux habitants en échange de l’autorisation de pouvoir extraire de la tourbe dans le village.  

Aucune délibération municipale concernant l’église de Boncourt, permettant de retracer les travaux du XIXe et XXe siècle, n’a été retrouvée à ce jour. La sacristie est postérieure à 1830 car elle ne figure pas sur le cadastre ancien.