Si l’idée de l’enfermement des mendiants et vagabonds remonte au milieu du XVIe siècle et prit naissance dans les Pays-Bas espagnols, l’institution d'hôpitaux généraux devant remplir cette même fonction d'enfermement fut prescrite dans le royaume de France par Louis XIV en 1662 par sa déclaration du 14 juin. La décision de la fondation était cependant laissée à l'initiative des autorités locales, décision généralement ensuite entérinée par le pouvoir royal qui se bornait à octroyer au futur hôpital général les biens et revenus d'établissements d'assistance en déshérence ou indûment détournés de leur destination originelle charitable.

A Saint-Omer, l’initiative de la fondation revint à l’évêque local, Louis-Alphonse de Valbelle qui, après avoir fait acquisition en 1699 de l'édifice occupé par l’ancien collège des Bons-Enfants, obtint du roi des lettres patentes de confirmation du mois de février 1702. Son petit-neveu, Joseph-Alphonse de Valbelle, entreprit en 1731 la reconstruction totale de l’édifice en commençant par le corps de bâtiment occidental, soit celui fermant présentement le fond de la cour. Les plans correspondant au projet général de reconstruction furent dressés par l’ingénieur Bernard-Joseph de Neuville. Le successeur de Joseph-Alphonse de Valbelle sur le trône épiscopal fit ériger, à partir de 1767, le corps de logis oriental, soit celui donnant sur la rue du Saint-Sépulcre, ainsi que le corps septentrional, soit celui située à droite en entrant dans la cour. Dans le courant du XIXe siècle, le bâtiment situé en front de rue, en l'occurrence celle du Saint-Sépulcre, fut allongé de 6 travées en se conformant strictement au parti d’élévation de la façade du bâtiment déjà existant avec sa scansion engendrée par un ordre colossal de pilastres.

A partir de la Révolution, l’établissement se mua en hospice, ce qui correspondait en fait essentiellement à un simple changement de dénomination sans grande conséquence sur l'admission du type de public auquel cet établissement avait été destiné. Aussi continua-t-il à remplir sa fonction originelle d'accueil des vieillards et des orphelins, et ce jusqu’en 1940 ; à ce titre, il fut doté d’un tourniquet pour y déposer les enfants abandonnés. A la suite de la destruction partielle, en 1943, de ses locaux situés rue des Béguines, l’hôpital civil de Saint-Omer abandonna ce site pour aller s’installer dans les murs de l'hospice. A la fin des années 1960, il fut décidé d'ajouter un corps de logis fermant la cour sur son côté méridional, jusqu'alors presque entièrement libre de constructions, pour y abriter la maternité : ces travaux furent exécutés suivant un projet dressé le 20 novembre 1968 par l'architecte Joseph Philippe. Ce dernier, après avoir tracé en 1966 un avant-projet en pleine conformité avec le style architectural en vogue à son époque, abandonna cette première mouture de son projet et, dans son projet définitif, s'inspira fortement du parti d'élévation des trois corps de bâtiment déjà existants, tout au moins pour bâtir la façade sur cour de la nouvelle maternité, utilisant de surcroît dans le gros œuvre une brique jaune similaire à celle des anciens bâtiments. L’hôpital civil se maintint dans les lieux jusqu'au transfert des services hospitaliers dans l'ancien sanatorium d'Helfaut devenu largement vacant en raison de la quasi extinction de l'endémie tuberculeuse. L’ensemble fut désaffecté en 1996, mais un incendie, survenu le 14 octobre 1997, endommagea gravement le corps de bâtiment qui se dresse le long de la rue du Saint-Sépulcre dont la charpente fut entièrement consumée. Après une période d'abandon, l'édifice fut restauré et réaménagé pour être converti, en 2007, en centre administratif siège de plusieurs administrations, avant que ses locaux n'accueillissent au surplus récemment les services de la mairie dont le siège y fut d'ailleurs transféré.