D’après la tradition, la première église de la paroisse de Froissy se serait trouvée entre Petit Froissy et Provinlieu, au lieu-dit Les Vignes (GRAVES, 1832). Elle est probablement détruite avant le XIIe siècle, date des plus anciennes maçonneries visibles aujourd’hui dans l’église actuelle qui aurait ainsi succédé à ce premier édifice. L’élévation nord de l’église semble en effet présenter des parties romanes : l’emploi de moellons de silex ainsi que la forme en arc plein cintre de la baie en pierre comblée dans la dernière travée de la nef laissent penser à une construction romane. L’église est citée en 1320 dans le pouillé de la province de Reims (ecclesia de Froissiaco). Elle est sous le patronage de l’abbaye Saint-Lucien de Beauvais qui reçoit également les dîmes et possède la plupart des terres du village.

L’église de Froissy a subi d’importants dégâts au cours de la Guerre de Cent Ans. Elle est réédifiée à partir de 1577 selon la tradition. Le style du chœur, œuvre typique du gothique flamboyant (remplage des baies à mouchettes et soufflets, plan polygonal, portail latéral sud en anse de panier sculpté avec des motifs végétaux et un blason) correspond bien à cette période à la limite des XVe et XVIe siècles. D’après son décor (guirlandes végétales, accolades, médaillon), le portail occidental est le fruit d’une campagne de travaux menée au XVIIIe siècle. Certains contreforts sont également réédifiés en brique et pierre au cours de cette période (DELATTRE, 2018).

L’église est en outre dotée de deux clochers. Selon la tradition, l’un appartient à la paroisse (côté nef), l’autre relève de l’abbaye Saint-Lucien de Beauvais (côté chœur).

Le dossier relatif aux travaux de l’église (série O) conservé aux Archives Départementales de l’Oise liste les différentes campagnes de travaux conduites au cours du XIXe siècle. D’importantes restaurations sont effectuées en 1827 sous la conduite de l’architecte Bellanger. La question de la participation de Noirémont aux frais engagés se pose alors puisque cette commune était rattachée à la paroisse de Froissy. En 1849, ce sont les piliers intérieurs qui sont réparés puis en 1851 les couvertures qui sont consolidées. Toutefois, l’édifice a besoin d’importants travaux structurels mais la commune manque de ressources. Elle est en effet déjà sollicitée pour les constructions de l’école de filles et de la mairie-justice de paix. Le curé ainsi que la femme du juge de paix envoient alors un courrier à l’impératrice Eugénie en 1855 en espérant qu’elle vienne en aide à la commune. Elle semble avoir répondu favorablement puisqu’une campagne de restauration est engagée dès 1857 d’après les plans d'Hubaine, architecte à Beauvais. C’est certainement lors de ces travaux que la plupart des maçonneries en brique aujourd’hui visibles sont construites (solins, contreforts, chambranles des baies redessinées). Enfin, une nouvelle sacristie est édifiée par la fabrique en 1891. Elle est contiguë à l’ancienne, en pierre.

Les travaux de la première moitié du XXe siècle sont consacrés aux réparations des toitures (clocher en 1910 ; toiture par monsieur Bled, couvreur à Wawignies en 1920 ; clocher à nouveau par l’entreprise Jumel-Defrance à Bonlier en 1931). Lors des restaurations du clocher est, les deux croix qui le surmontaient ont été remplacées par des artichauts (documentation de l’Association pour la Connaissance et la Conservation des Calvaires et des Croix du Beauvaisis (ACCCCB), 2007).

D’importantes restaurations sont réalisées entre 2008 et 2009. Elles concernent les maçonneries, les vitraux, les couvertures (chœur, une partie de la nef) ainsi que la charpente du chœur.

Enfin, des travaux à l’intérieur de l’édifice ont été achevés dans le second semestre de 2022. Ils ont concerné la voûte de la nef et une grande partie des murs latéraux.