Les multiples chapelles de Pontavert furent successivement détruites lors des nombreuses invasions qu´eut à subir le village. D'après Marcel Mulot, l´incursion espagnole engendra la construction d´une nouvelle église entre 1675 et 1689 à partir des matériaux de l'église de Thony. Les dessins de Piette du 12 septembre 1877 présentent l´édifice tel qu´il était encore en 1906. La porte en façade était surmontée d´une niche ornée d´un fronton triangulaire. Le clocher-porche, couvert d´une flèche octogonale, en constituait l´entrée. La nef, ajourée de petites baies en plein cintre, était plus basse que le choeur. Un mur enserrait le cimetière établi autour de l´édifice religieux. Claude Peudepièce précise que, grâce à un legs de la veuve Deriberpré, l´église fut entièrement restaurée en 1906. Les fondations en moellons durs, béton de cailloutis et mortier de chaux, supportaient les élévations composées d´un blocage de moellons. Les parties remplacées lors de la restauration étaient en pierre meulière appareillés à joints pleins. L'intérieur était recouvert de chaux. Le choeur, recouvert d'un lambris de demi-revêtement, possédait une niche axiale accueillant une statue du Christ. Entièrement détruit en mars 1918, le bâtiment religieux fut remplacé dès 1919 par une église provisoire, en bois, recouverte de tôles "métro". En 1923, une chapelle en brique, pourvue d´un vestibule et ajourée de fenêtres colorées, fut construite dans la rue du Châlet, accompagnée d´un petit clocher en bois hors-oeuvre. D'après le dossier de dommages de guerre, la commune décida de reconstruire un nouvel édifice le 3 mai 1929 sur son emplacement primitif. L'architecte Drouin-Deligne se vit confier la réalisation des plans. Sa reconstruction fut assurée par la société coopérative du groupement de Roucy. Les anciennes fondations, percées de tranchées, sapes et abris, compromettant la stabilité du terrain, ne purent être utilisées. Un long travail de terrassement fut alors nécessaire afin de remettre le sol en état. L´église actuelle fut consacrée le 3 mai 1931 par Monseigneur Mennechet, évêque de Soissons. L'église Saint-Médard eut encore à souffrir des bombardements de la Seconde Guerre mondiale : deux trous d´obus détruisirent une partie de la nef.