L'organisation de l'espace intérieur de la chapelle est conçu pour l’exercice du culte des collégiens, non pour accueillir des fidèles extérieurs au collège. Il n'y a donc pas de chapelles latérales ni de bancs dans la nef mais des stalles installées le long des murs. Cette disposition est similaire à celle des chapelles d'Oxford et Cambridge édifiées après la Réforme sous Henry VIII (O'DONNEL, 1983).

Les stalles sont en chêne teinté. Elles sont composées d'une double rangée, de bancs à l'avant et de véritables stalles à l'arrière. Seules ces dernières sont séparées par des parcloses. Le dosseret s'achève par une corniche en surplomb surmontée d'une frise de trilobes et de crossettes. Ces décors de remplages gothiques sont plaqués sur la structure.

Le dosseret et la face avant des stalles portent un décor identique de lancettes géminées et d'un motif de pentalobe réunis sous une ogive. Les lancettes du dosseret sont trilobées.

Les jouées achevant et séparant les stalles sont percées d'un quadrilobe et surmontées de têtes adossées coiffées d'une feuille et réunies sous un motif de feuilles réunies en bourgeon. Ces éléments sont rapportés. On trouve quatre têtes d'hommes barbus sur les jouées à l'entrée de la nef, le reste étant constitué de têtes de femmes dont les visages et les coiffes diffèrent.

Toujours d'après Roderick O'Donnel, les stalles ne sont pas de la main de Pugin. Elles ressemblent en effet beaucoup trop aux imitations "serviles" de mobilier auxquelles Pugin était opposé. Elles sont cependant très similaires à celles réalisées par Pugin pour la chapelle de Saint-Cuthbert's College (Ushaw, Angleterre) vers 1841 (ATTERBURY et WAINWRIGHT, 1994), en particulier la forme fleurdelisée des extrémités des jouées et les feuilles imbriquées qui en constituent la partie sommitale.