Les circonstances de la création (date de réalisation, commanditaire, etc.) et de l'arrivée en France de L'Adoration des Bergers, exécutée vers 1620 par Pierre-Paul Rubens avec la participation de son atelier, sont encore inconnues. Une date de réalisation vers 1618-1620 est généralement admise par les historiens de l'Art, pour des raisons stylistiques et par comparaison avec d'autres œuvres de l'artiste déclinant le même sujet (tableau du musée des Beaux-Arts de Rouen). En outre, Rubens abandonne ce thème après 1620. Une esquisse de ce tableau est conservée dans les collections de l'abbaye Saint-Paul du Lavanttal, en Autriche.

La tradition persistante d'une exécution locale par Rubens en 1625, en remerciement des soins que lui auraient dispensés les Cordeliers de Soissons au cours d'une maladie, semble donc une légende véhiculée par les historiens soissonnais du 19e siècle. Néanmoins, le tableau arrive à Soissons peu d'années après sa réalisation, sous l'épiscopat de Simon Le Gras (1624-1656), comme en témoignent la présence des armoiries de la ville et de celles de ce prélat, remises au jour lors de la dernière restauration en 1992. Par la suite, aucune information n'est connue sur l'œuvre jusqu'au 18e siècle, période où sa présence est attestée au-dessus du maître-autel de l'église des Franciscains. C'est sans doute pour s'adapter à cette destination que la toile a changé légèrement de forme et reçu le cadre somptueux qu'elle a conservé depuis.

Le tableau est encore en place le 15 février 1791, quand deux experts viennent procéder à l'estimation du couvent des Franciscains. Une note jointe à leur rapport indique que la toile et son cadre ne doivent pas être compris dans l'estimation de l'église, mais doivent être mis en dépôt. La commune fait alors restaurer le cadre qui nécessitait des réparations, puis fait placer l'œuvre temporairement dans la cathédrale en 1793. À la fin de l'année 1794, le tableau, que sa qualité destine au Museum national à Paris, est placé dans une caisse de taille peu ordinaire. Mais faute de voiture assez grande disponible, et pour ne pas prendre le risque de transporter le tableau par bateau, L'Adoration des bergers reste finalement à Soissons où elle gagne les locaux de l'ancienne Intendance. Ce bâtiment accueille en 1796 une École centrale d'Instruction supérieure, dans laquelle plusieurs tableaux constituent un embryon de musée. Mais l'École centrale est supprimée au tout début du 19e siècle.

Le Consulat ramène l'apaisement après la période révolutionnaire. Un évêque est nommé à la tête de l'évêché de Soissons en avril 1802, et un conseil de fabrique administre le temporel de la cathédrale. L'édifice manque à cette époque d'objets indispensables au culte et, bien évidemment, d'ornementation. Il apparaît alors que plusieurs beaux tableaux à sujet religieux sont conservés dans les bâtiments de l'École centrale, et qu'ils contribueraient parfaitement au décor de la cathédrale. Des demandes adressées en juillet et septembre 1803 à l'administration locale aboutissent à l'envoi très rapide de plusieurs tableaux, parmi lesquels figure L'Adoration des bergers. L'œuvre est d'abord placée dans la grande sacristie, où elle reste jusqu'en 1810, protégée par un rideau. Puis, de 1810 à 1833, elle est accrochée au-dessus de l'autel d'une nouvelle chapelle qui vient d'être aménagée dans le bras nord du transept.

Le 17 mai 1828, le conseil de fabrique, qui avait reconnu la nécessité d'une restauration, prie l'évêque de faire les démarches nécessaires auprès du ministre des Affaires ecclésiastiques. Le tableau est restauré en 1833 par le peintre Nicolas-Sébastien Maillot, attaché comme restaurateur au musée du Louvre. Après avoir bénéficié d'un rentoilage et d'un nouveau châssis, l'œuvre est installée à la fin du mois de septembre 1833 au-dessus du maître-autel. Le revers visible de la toile est alors masqué par un nouveau tableau en grisaille, représentant Jésus au milieu des Docteurs, et peint par Maillot en 1833-1834. L'Adoration des bergers reste dans le sanctuaire jusqu'à la fin de l'année 1865, où décision est prise de retirer le tableau comme rompant l'harmonie du style ogival de la cathédrale et nuisant à la perspective. Il est placé provisoirement dans la grande sacristie, avant d'être transféré à l'évêché pendant les travaux de réaménagement du chœur. Après l'achèvement du chantier en 1869, le tableau est accroché dans le croisillon nord du transept, à gauche de l'autel du Rosaire. Par la suite, le conseil de fabrique et les membres de la Société historique constatent unanimement le mauvais état de la peinture et font part de la nécessité de la protéger du soleil, de la poussière et de l'humidité. Mais aucune intervention importante n'est menée jusqu'à la Première Guerre mondiale.

Après un bombardement de plusieurs jours, le tableau de Rubens est descendu en septembre 1914, puis, le 14 février 1915, la toile est détachée de son cadre par des ouvriers du Louvre. Déposée au Louvre en mars 1915, la toile est restaurée par Brisson et Denisard, puis présentée sans son cadre à une exposition au Petit-Palais en 1916-1917. Elle gagne ensuite la province, avant de regagner Soissons en 1926, "en parfait état". Une fois le cadre réparé, le tableau peut reprendre sa place vers 1928, dans le bras nord du transept restauré.

L'Adoration des bergers est une nouvelle fois évacuée pendant la Seconde Guerre mondiale. Déposée en 1939, elle réintègre Soissons en 1949 où elle est restaurée en août de la même année par Raoul Mettling, conservateur du musée municipal, intervention attestée par l'inscription peinte au dos de la toile. Après avoir repris sa place en septembre 1949, ce tableau a profité vers 1993 d'une dernière restauration, qui a permis de redécouvrir la composition originale.