Aucune information ne nous est parvenue sur ce tableau, dont l'auteur et la date de réalisation conservent leur mystère. La composition et de nombreux détails de l'œuvre font référence à de célèbres peintures qui déclinent ce thème, tel le Baptême du Christ de Mignard, peint dans les années 1660. Toutefois, la grande draperie qui enveloppe le Christ, ainsi que son attitude et ses gestes, renvoient plutôt à l'art de Jean Restout ou de plusieurs de ses contemporains et incitent à dater ce tableau du milieu ou du troisième quart du 18e siècle. L'œuvre est réputée avoir décoré les fonts baptismaux.

Pendant la Révolution, ce tableau est envoyé avec d'autres à l'École centrale d'instruction supérieure de l'Aisne, fondée à Soissons en 1796 et installée dans une partie des bâtiments de l'ancienne Intendance. Toutefois, les écoles centrales sont supprimées en 1801.

Le Consulat ramène l'apaisement après la période révolutionnaire. Un évêque est nommé à la tête de l'évêché de Soissons en avril 1802, et un conseil de fabrique administre le temporel de la cathédrale. L'édifice manque à cette époque d'objets indispensables au culte et, bien évidemment, d'ornementation. Il apparaît alors que plusieurs beaux tableaux à sujet religieux sont conservés dans les bâtiments de l'École centrale, et qu'ils contribueraient parfaitement au décor de la cathédrale. Une demande est adressée au préfet en juillet 1803 et aboutit à l'envoi très rapide de plusieurs tableaux, dont ce Baptême du Christ. L'œuvre est restaurée à la fin des années 1820 par le peintre soissonnais Jean-René Chevalier, professeur dans l'École de dessin que la municipalité avait fondée en novembre 1804. L'inventaire de la cathédrale en 1836 précise que la toile orne l'autel de la seconde chapelle nord de la nef (actuelle chapelle Sainte-Thérèse), mission qu'elle conserve jusqu'en 1876-1877, époque à laquelle la chapelle accueille les appareils de chauffage d'un calorifère. Le tableau, retiré de la chapelle, reçoit à ce moment un cadre en chêne, et la fabrique décide de l'installer dans un autre espace de la cathédrale. Cette nouvelle destination n'est pas connue, mais il s'agit probablement de la salle capitulaire qui vient juste d'être construite à l'est de la grande sacristie et où ce tableau est signalé dans les premières années du 20e siècle.

Le Baptême du Christ, qui a survécu à la Première Guerre mondiale et a bénéficié d'une restauration, a été accroché récemment à l'entrée de la chapelle de la Résurrection.