La plus ancienne mention des stalles de chœur de la cathédrale remonte à la construction de cette partie de l'édifice au début du 13e siècle. Plusieurs auteurs - comme Dormay ou Cabaret - rapportent qu'Aliénor, comtesse de Valois et Vermandois, autorise le prélèvement, en forêt de Retz, de tout le bois nécessaire à la réalisation des stalles. En revanche, la fabrication de ces sièges est financée par l'évêque Aymard de Provins (1207-1215). Les stalles sont probablement installées avant 1212, date à laquelle le chapitre prend possession du chœur. Si les auteurs d'Ancien Régime s'accordent sur le nom des donateurs et sur la part qu'ils ont prise dans la création de ces sièges, ils ne nous apportent en revanche aucune information sur l'apparence de ce mobilier.

Ces stalles subissent probablement de graves dommages au début du 15e siècle et surtout en 1414, année du siège, de la prise et du saccage de Soissons. L'évêque Jean Milet (1442-1503) ayant trouvé sa cathédrale dépouillée de mobilier et d'ornements, emploie une partie de sa fortune à la restaurer et l'embellir. En particulier, il fait réaliser de nouvelles stalles et un trône épiscopal, que les auteurs d'Ancien Régime n'omettent pas de mentionner parmi ses nombreuses libéralités. Leur date de réalisation n'est pas connue, mais logiquement, elle devrait être antérieure à 1479, année de la dédicace de la cathédrale par le prélat, au cours d'une cérémonie solennelle.

La ville est prise en 1567 par "l'armée huguenote" et le chœur de la cathédrale est dévasté. Dès le départ de l'armée en 1568, le chapitre s'empresse d'effectuer les réparations indispensables, épaulé par l'évêque Charles de Roucy (1557-1585) qui abandonne à cette fin trois années de ses revenus ecclésiastiques. D'après l'inventaire des archives du chapitre dressé à la fin du 18e siècle, un marché est passé le 29 décembre 1569 entre le chapitre et deux maîtres-menuisiers parisiens, Roland Vaillant et son fils Louis Vaillant, pour construire de nouvelles stalles destinées au chœur ainsi qu'un banc à trois places pour le prêtre, le diacre et le sous-diacre, à charge de livrer un travail parfait à Pâques 1571, moyennant 3600 lt. Un modèle est fourni aux artisans pour les ornements. Les menuisiers respectent le délai, mais le chapitre relève dans les stalles livrées un certain nombre de malfaçons qui l'incitent à intenter un procès aux menuisiers. Ces défauts concernent principalement le dorsal. Quant aux stalles, les reproches portent sur le fait d'avoir utilisé de nombreuses pièces de bois collées et non chevillées. Les améliorations faites, le chapitre doit s'acquitter en 1573 du solde de la somme convenue.

Bien que ces documents fassent du chapitre le commanditaire de l'ouvrage, l'inventaire de 1672 précise que les stalles des chanoines et des chapelains ont été données par Monseigneur Charles de Roucy. En outre, une inscription latine gravée sur une plaque de marbre, provenant du deuxième jubé et conservée au milieu du 19e siècle dans une resserre de la cathédrale, attribue au même prélat la reconstitution des stalles. Il faut sans doute y voir une allusion à l'aide financière de l'évêque en ces temps difficiles. Il est donc permis de se demander si les armoiries entièrement bûchées qui ornent l'une des miséricordes n'étaient pas celles du généreux prélat (d'or au lion d'azur armé et lampassé de gueules), qui auraient été sculptées à la demande du chapitre en témoignage de gratitude ?

Quoi qu'il en soit, ces stalles sont vraisemblablement celles qui s'allongent encore aujourd'hui au nord et au sud du chœur, mais remaniées, privées d'un certain nombre de sièges (au moins ceux qui s'adossaient au revers du jubé) et dépourvues de leur dorsal. On ne sait pour quelle raison Delorme avance, dans son article sur le mobilier artistique de la cathédrale, que les stalles du chœur proviennent du couvent des Célestins de Villeneuve-Saint-Germain. Ce dernier établissement, qui n'a sans doute pas dépassé la vingtaine de religieux, n'avait en effet nul besoin d'un ensemble d'une centaine de stalles.

L'aménagement et l'ornementation des chœurs des cathédrales se renouvellent dans le courant du 18e siècle. Désireux d'ouvrir le chœur au regard des fidèles et d'homogénéiser son ameublement et son décor, l'évêque de Soissons Monseigneur de Fitz James fait dresser le plan d'un nouveau chœur par Michel-Ange Slodtz, ingénieur du roi, en 1763. Après la mort du prélat, puis celle de Slodtz, le projet est finalement adopté en 1767 par le chapitre, qui confie au sculpteur et dessinateur soissonnais Forêt (ou Forest) l'achèvement ou l'adaptation du projet de Slodtz et la direction des travaux. Les stalles du 16e siècle sont conservées, mais elles perdent plusieurs sièges à l'ouest, pour ne pas empiéter sur la large porte du nouveau jubé. En outre, le dorsal, qui est surmonté "de chapitaux [dais] ou impériales gothiques et sculptées à l'antique", jugé de fort mauvais goût, est supprimé et remplacé par un nouveau lambris, payé 9100 lt au menuisier soissonnais Ruelle. L'ensemble est posé en 1770 sur le pavement de marbre du chœur liturgique.

Ces sièges sont réparés dans la première décennie du 19e siècle, après l'épisode révolutionnaire. En 1836, les stalles sont au nombre de 98, réparties en 56 stalles hautes et 42 basses. Deux stalles sont démontées peu après, sans doute dès 1839, pour faire place à la console de l'orgue de chœur. En 1866, la destruction du jubé et son remplacement par une grille entraînent la suppression des stalles occidentales. Pour faciliter la vue de l'autel, le lambris est lui-aussi retiré sur toute l'étendue des sièges.

Ces stalles ont été peu endommagées par le premier conflit mondial et ont pu être réparées rapidement sur place, grâce à l'aide financière de l'archiprêtre Landais.