La plus ancienne mention d'un orgue dans la collégiale remonte à 1329 et est rapportée par Claude Hémeré. En cette année, l'orgue doit être réparé et entouré de rideaux par le facteur qui l'a construit, un dénommé Baudouin Corbison ou Corbisson. A cette époque où seul le choeur est achevé et où le grand transept est en cours de construction, l'orgue est installé dans le petit transept, contre le mur-pignon sud. Le choix d'un tel emplacement n'est pas anormal pour l'époque. Quant aux rideaux mentionnés, ils peuvent servir à protéger l'instrument de la poussière et peut-être aussi du soleil qui peut endommager certaines parties du mécanisme. Vers le milieu du 15e siècle, la croisée du bras sud du petit transept présente de nombreux signes de faiblesse. Des travaux de consolidation, voire de reconstruction, sont donc prévus. Vers la même époque, l'état de l'orgue exige des réparations. En 1455, le chapitre délibère et décide d'en faire construire un neuf, qui sera installé à l'extrémité de la nef, probablement adossé à la tour-porche. La construction du gros oeuvre est alors terminée, et cet emplacement permet à l'organiste de mieux voir le choeur, et au son de mieux se répandre dans l'édifice. De nouvelles orgues sont réalisées en 1546, posées sur une tribune en bois. Le chanoine De Croix qui les décrit précise que le buffet était très travaillé. Il était fermé par deux portes. A l'une, étaient représentées en relief l'histoire de Goliath et celle de l'invention du son des cloches, et à l'autre, la sortie d'Egypte des Hébreux et sainte Cécile touchant l'orgue. En 1620, l'instrument est restauré et augmenté de pédales, de trompettes et de nouveaux jeux, par le facteur d'orgues laonnois Crespin ou Crépin Carlier, moyennant 2000 livres. Ces orgues sont entièrement détruites lors de l'incendie du 14 octobre 1669. Dans un premier temps, le chapitre se consacre à la restauration du gros-oeuvre, incluant la réfection complète de la toiture et la construction d'un clocher neuf, puis se préoccupe de la fonte de nouvelles cloches. Ces travaux achevés, grâce à l'aide financière de Louis XIV, l'attention des chanoines peut enfin se tourner vers l'installation de grandes orgues. A la fin de l'année 1694, le chapitre décide de commencer cette construction par la tribune et un positif, en attendant d'avoir les fonds nécessaires pour compléter l'instrument. Divers facteurs d'orgues sont contactés, parmi lesquels le Parisien Robert Clicquot et le Rémois Jean Visbecq ou Vuisbecq qui adressent au chapitre une proposition en novembre. La commande de l'instrument est passée à Robert Clicquot le 14 décembre 1694. Le 23 décembre 1694, le chapitre adjuge à Henri Gérard ou Girard de La Motte, maître sculpteur à Saint-Quentin, la réalisation de la tribune, du plancher, d'un plafond et du buffet du positif, moyennant 1700 livres. Le travail de menuiserie et de sculpture doit être achevé pour la Saint-Jean de l'année suivante, afin que la partie instrumentale n'attende pas. Le projet à réaliser est l'oeuvre d'un dénommé Perrault. Toutefois, le chapitre change d'avis en mars 1695 et adopte un projet de Jean Berain pour l'ensemble de la tribune et le buffet du positif. Ce dernier est vraisemblablement achevé en 1695 ou, au plus tard, l'année suivante. Jean Ier Berain, dit le Vieux (1640-1711), dessinateur de la Chambre et du Cabinet du roi, est surtout un dessinateur et un ornemaniste, célèbre pour avoir réalisé les décors et costumes des spectacles de la Cour. Son choix comme dessinateur du buffet peut donc sembler surprenant, mais doit entretenir un rapport étroit avec la présence au sein du chapitre de Saint-Quentin de son fils aîné, le chanoine Jean-Nicolas Berain. Le registre renfermant les délibérations du chapitre pour la période immédiatement postérieure à 1695 est manquant. Il est donc impossible de connaître avec précision la progression des travaux pour cette période. Néanmoins, le 9 mai 1697, le chapitre approuve le dessin du grand buffet, oeuvre de Jean Berain. Il agrée le même jour le devis signé par Nicolas Lebègue, organiste, par Robert Clicquot et par Alexandre Thierry, facteurs d'orgues du roi. Le traité pour la réalisation du buffet est signé le 18 octobre 1698 avec Pierre Vaideau, menuisier ordinaire des Bâtiments du roi. La menuiserie achevée est visitée et expertisée le 15 mars 1701 par l'architecte Jean-Baptiste Marteau, par Jean Berain et par Robert Clicquot. Puis Clicquot se met à l'oeuvre et livre l'instrument au chapitre en 1703. Avant la Grande Guerre, un dessin de Berain, représentant l'orgue dans son ensemble, était conservé dans les archives de la basilique. Il a disparu dans l'incendie de la sacristie en 1917. Le National Museum de Stockolm conserve un autre dessin du buffet, sans le positif, dessin exécuté en 1701 par Jean 2 Berain (1674-1726) d'après un original de son père, à la demande de l'architecte Nicodème Tessin le Jeune. Il existe quelques différences entre les deux dessins, de même qu'entre ces dessins et le buffet réalisé. En particulier, la décollation de saint Quentin qui devait orner le médaillon circulaire, a été remplacée par deux anges enlevant au Ciel l'âme de saint Quentin. Une inscription placée au-dessus des claviers commémore alors l'entreprise. L'orgue comporte 47 jeux répartis sur 4 claviers manuels et un clavier de pédale. Il est réparé une première fois en 1718 par Robert Clicquot, puis en 1727 par Boudos, facteur d'orgues à Vervins. En 1736, le chapitre décide à nouveau de faire réparer l'orgue et se préoccupe de trouver un habile facteur qui soit basé à Reims ou à Paris. Le 9 avril 1737, un marché est passé avec le facteur d'orgues parisien François Thierry, pour effectuer des réparations, des augmentations et changements, moyennant 5000 livres. Si le détail des travaux n'est pas connu, il est néanmoins certain que Thierry a fait trois jeux neufs. Peut-être est-ce à cette époque que le buffet du positif est modifié. L'orgue est à nouveau réparé en 1751 par le facteur d'orgues saint-quentinois Claude Deschamps, qui signe, le 18 décembre 1752, un traité avec le chapitre pour entretenir les deux orgues de l'église. Cet entretien est réalisé jusqu'au moment où éclate la Révolution. Le culte catholique est interdit en 1793, et en novembre de la même année, l´administration municipale ordonne la destruction des marques de la féodalité et de la religion qui se trouvent dans l'église. Le temple de la Raison est inauguré le 30 novembre 1793, allégé de son décor religieux et de ses symboles royaux. L'orgue y perd certains éléments de son décor et en particulier sa couronne sommitale. Néanmoins, sa voix accompagne certaines cérémonies révolutionnaires, ce qui lui permet de franchir cette tourmente sans trop de dommages. Au début du 19e siècle, l'orgue est à plusieurs reprises nettoyé, réparé et entretenu par le facteur d'orgues Nielles, de Noyon. Le 4 juillet 1830, un membre du conseil de Fabrique manifeste le désir de voir rétablir au-dessus du buffet d'orgues la couronne de France qui s'y trouvait avant la Révolution. Mais conscient du coût de l'opération, il propose de remplacer la couronne par une croix proportionnée. Le conseil, favorable à cette proposition, en ajourne l'exécution, faute de revenus. Finalement, la dépense peut en être allouée en 1831. L'instrument est presque entièrement reconstruit en 1849-1850 (inauguration le 6 juin 1850), par le Messin Antoine Sauvage, qui avait longtemps travaillé chez Aristide Cavaillé-Coll. Il introduit une registration romantique et le procédé Barker à traction pneumatique. Par la suite, la documentation ne mentionne plus qu'un relevage, effectué en 1888 par Augustin Brisset. Jusqu'à l'installation de l'armée allemande sur la ligne Hindenburg au début de l'année 1917, la basilique et son orgue souffrent peu de la guerre. Le 13 mars 1917, les Allemands enlèvent les tuyaux d'étain pour les fondre. L'incendie du 15 août 1917 épargne le buffet, qu'un pan de voûte protège, tant bien que mal, jusqu'à la fin de la guerre. La restauration du buffet débute en 1929, par une révision générale et un réassemblage des parties démontées. Les travaux se poursuivent dans les années 1930, et sont très avancés au moment où éclate la Seconde Guerre mondiale. Une fois la paix revenue, la restauration de la menuiserie reprend, réalisée par le Saint-Quentinois Robert Raepsaet, et s'achève en juin 1958. De nombreuses sculptures ont été refaites, tels la statue centrale de saint Quentin, les trois anges musiciens assis et la tête d'autres anges. Quelques modèles à grandeur d'exécution en plâtre sont conservés à l'étage de la tour. La partie instrumentale est reconstruite de 1961 à 1966 par les facteurs Haerpfer et Erman de Boulay (Moselle). Le nouvel instrument de 75 jeux a été inauguré le 27 mai 1967 par Jean-Jacques Grunenwald.