D'après des travaux historiques menés au 19e siècle, l'église paroissiale de Flixecourt serait associée à la présence d'un prieuré-cure, fondé par Aleaume d'Amiens avant le milieu du 12e siècle, et dépendant de l'abbaye Saint-Lucien de Beauvais. La fondation est approuvée en 1150 par Thierry, évêque d'Amiens entre 1144 et 1164. A partir de 1583, il dépend du collège des Jésuites d'Amiens. Ce prieuré est à l'époque desservi par un prieur et un sous-prieur, et possédait un droit de dîmes de 450 livres à prendre sur le territoire d'Havernas. Accessible depuis la rue Saint-Pierre, la propriété se composait d'une maison prieurale d'habitation à un étage complétée d'un colombier, d'un puits, d'étables, d'un jardin et d'une chapelle. Cette propriété fut rachetée en 1848 par la commune, qui y construisit l'école primaire des filles.

L'ancienne église priorale semble être à l'origine de l'église paroissiale. L'édifice n'est connu que par la description de l'abbé Jumel en 1876, d'après des sources non référencées par l'auteur. Il apparait d'emblée comme une construction relativement simple et modeste, mesurant 18 m de long (55 pieds) sur 8 m de large (24 pieds). La nef, dépourvue de bas-côtés, ne possédait que trois travées. Elle était prolongée par une travée de chœur, au-dessus de laquelle s'élevait un clocher élancé, couvrant toute la largeur de l'édifice. L'importance du chœur et la forme de son chevet ne sont malheureusement pas connus. L'abbé Jumel, qui rédigea l'historique le plus précis de cette ancienne église, signale simplement que l'usage de cette partie était réservé au prieur et au seigneur qui avait obtenu "le privilège de mettre un banc de queue [sic, banc de chœur seigneurial] et de faire peindre ses armoiries".

En 1706, la flèche du clocher est emportée par une violente tempête et s'écroule sur une partie de la nef. Faute de ressources suffisantes, seule la toiture est réparée. Dans les décennies qui suivent, l'état de l'église se dégrade de plus en plus, au point qu'en 1786, le curé de la paroisse, l'abbé Olive, souligne l'état de ruine de l'édifice. Le conseil communal, la fabrique et les frères Jésuites décident unanimement de démolir l'église pour la reconstruire.

L'architecte, qui n'est malheureusement pas connu, en profite pour changer l'orientation de l'église, qui adopte désormais un axe nord-sud. La réalisation des travaux est attribuée le 28 avril 1789 à Jacques de Sailly, entrepreneur de maçonnerie à Ham (Somme). Le chantier de la nouvelle église est achevé le 27 février 1791, date de la réception définitive des travaux.

Le clocher-porche, dont la construction n'est pas évoquée, mais qui devait également dater de la fin du 18e siècle, fait l'objet d'importants travaux de restauration en 1876.

En 1935, ce clocher présente de nombreuses fissures, signes d'une instabilité importante, qui conduit à son écroulement partiel en avril 1940. La décision est prise en 1945 de démonter la partie qui était restée debout et de déblayer l'espace devant l'église. L'architecte communal, Pierre Lemaire, aidé de son confrère Pierre Herdebaut, soumettent en 1954 un projet remplaçant l'ancien clocher-proche par un simple clocher-mur. Ce projet est validé en conseil municipal le 15 novembre 1954, les travaux sont entamés dans la foulée et achevés en 1956.

Le cimetière se trouvait au nord-ouest de l'église. Bien que des pétitions d'habitants souhaitant son transfert à l'extérieur de la zone d'habitations à partir de 1859, le conseil municipal ne prend cette décision que le 28 août 1871 et décide d'implanter un nouveau cimetière, sur le chemin de Vignacourt. L'inhumation dans l'ancien cimetière est interdite à partir de 1873. Au début du 20e siècle, l'ancien cimetière prend l'allure d'un "terrain vague misérable (...) dans un complet état d'abandon" qui nuit à l'image de la commune. En 1901, les familles sont d'ailleurs invitées à enlever les insignes subsistant des sépultures des membres défunts de leur famille, mais ce n'est qu'en 1906 que le conseil municipal décide d'utiliser la surface du cimetière pour construire la nouvelle école primaire des filles.