Le nom de Querrieu dérive du latin Carus rivus (attesté en 1145). Il apparaît sous l'orthographe Kyerru dans un texte de 1204. Le village s'est développé le long de la route d'Amiens à Albert, à l'endroit où cette ancienne voie romaine franchit l'Hallue : jusqu'en 1738, un droit de péage était perçu sur le pont par le seigneur de Querrieu, qui possédait en outre un moulin banal sur la rivière (ainsi qu'un four et un pressoir banaux, rue du Four des Champs, et un gibet et pilori). La plus ancienne mention de cette seigneurie remonte à 1106 (charte de donation en faveur de la léproserie de Corbie), et le plus ancien représentant connu en est Foulques de Querrieu (1183).

Le château actuel, quoique complètement remanié aux 17e et 19e siècles, conserve le tracé de deux tours rondes qui rappellent l'importance stratégique de cette place dans la défense d'Amiens.

Quant à l'église paroissiale, elle apparaît dans plusieurs actes du 13e siècle. La structure de la nef pourrait remonter à l'époque romane, mais l'édifice connut de profonds remaniements aux 15e et 16e siècles.

La maladrerie de Sainte-Marie-Madeleine, citée en 1182, a totalement disparu : elle occupait le site du jardin Saint-Ladre, à l'angle du chemin d'Allonville et de la route nationale.

Il existait sur le terroir de Querrieu deux fermes d'abbaye, également disparues : la ferme d'Orbendas, propriété de l'abbaye de Corbie depuis le 14e siècle, et une ferme appartenant à l'abbaye Saint-Vaast d'Arras, près du marais. Cette dernière, vendue comme bien national puis démolie, comprenait un moulin, le Moustiers-Saint-Gervais, dont des vestiges étaient encore visibles en bordure du chemin de Fréchencourt vers 1980. Le village de Querrieu possède encore d'intéressants éléments de l'habitat d'Ancien Régime.

Le plan du village fut par ailleurs profondément remanié au milieu du 18e siècle, lorsque le marquis de Querrieu détourna la route d'Amiens à Albert vers le sud, pour étendre son parc. Les accroissements au profit du château continuèrent au 19e siècle, aboutissant en 1830 au déplacement de la place du marché sur son site actuel (derrière le presbytère), et à la suppression de la Grande rue Croizette. A cette époque, on reconstruisit également le pont sur l'Hallue (1837), toujours en service.

La plupart de l'habitat traditionnel de Querrieu remonte au 19e siècle. Au sommet de la colline sur laquelle s'étend le village, s'élevaient trois moulins à vent au début du 19e siècle : l'un était déjà en ruines en 1819, le second fut démoli en 1844, le troisième après 1914. Le long de l'Hallue tournaient d'autres moulins, utilisés notamment par deux brasseurs installés près du pont de Querrieu. Un moulin à waide était situé sur un bras plus éloigné, vers Fréchencourt. De tous ces moulins ne subsiste aujourd'hui que celui du château.