L'édifice actuel remplace une modeste chapelle Sainte-Elisabeth qui datait du début du 17e siècle. La construction d'une nouvelle église plus vaste est réclamée par les paroissiens du Haut-Pont dès 1825, mais le projet n'aboutit qu'une génération plus tard. L'architecte lillois Charles Leroy en a donné les plans. Les travaux ont été exécutés par l'entreprise Loriaux de Saint-Omer. La première pierre est posée le 4 octobre 1854. L'édifice qui est inauguré le 8 octobre 1859 n'est pas totalement achevé. Un clocher en bois provisoire est ajouté en 1865 (les cloches datent de 1866 et 1868) et la décoration intérieure n'est terminée qu'en 1872 (peinture) et 1879 (mobilier).
L'édifice, qui est déclaré en mauvais état déjà en 1887, subit un bombardement en 1917. Il est restauré en 1921 et 1925. La flèche actuelle, en charpente métallique sortant des fonderies locales, est édifiée en 1935 ; elle remplace l'ancien clocher en bois, tombé en 1929.