Sous le vocable de saint Pierre et de saint Paul, l’église d’Esquennoy est sous l’Ancien Régime un vicariat de la paroisse de Bonneuil (L. Graves, 1843).

L’édifice aujourd’hui visible a été bâtie dans la première moitié du XVIe siècle. En effet, comme dans de nombreuses paroisses environnantes (par exemple Villers-Vicomte, ou Bonneuil-les-Eaux) il a pu remplacer un édifice antérieur détruit lors des guerres de Cent Ans. Les fonts baptismaux, datés du XVe siècle, comme la porte de la nef côté sud inscrite dans un arc en anse de panier et aux piédroits à facettes, sont des témoignages de ce premier édifice.

Louis Graves avance la date de 1540 (sans citer de source) pour la reconstruction du chœur. D'après un article de Rose-Anne Cappronnier, il a été financé par le prieuré de Bonneuil (Société historique de Breteuil, 2016). Son style signale clairement une architecture à la limite du gothique flamboyant et de la Renaissance : tracé polygonal du chœur, larges baies aux lancettes étirées et au remplage à soufflets et mouchettes, voûtes à liernes ornées de clés pendantes sculptées. La tour de clocher est également élevée à cette période. Elle était couronnée par une coupole en pierre dont il reste les deux premières assises. Des niches surmontées d’un dais architecturé à gâbles et pinacles abritaient des statues.

Les matériaux de construction proviendraient de la carrière Calorgne (60) pour la pierre et des bois d'Hallencourt (80) pour les charpentes (R.-A. Cappronnier, 2016).

L’interruption d’arcades entre la nef et le chœur indique que le projet initial de poursuivre la construction de l’édifice à l’ouest n’a pas pu se concrétiser, certainement faut de moyens. La nef actuelle est une construction du second quart du XIXe siècle achevée en 1834 - d’après la date inscrite sur la façade occidentale. L’abbé Boitel, curé à l’initiative d’un ameublement important de l’église, la bénit l’année suivante (Archives de l’Association des croix et calvaires du Beauvaisis). En 1837, la voûte en charpente de la nef et la restauration du clocher sont achevés.

La tour de clocher est réparée à de nombreuses reprises. Le dôme en pierre s’écroule en 1789 entraînant avec lui les cloches et une partie des maçonneries. Le clocher est à nouveau réparé en 1833 (baie du premier niveau comblée).

La tribune aménagée dans la première travée de la nef a été construite en deux temps par la fabrique : la plateforme principale entre 1846-1848, puis le garde-corps en 1866.

Les deux petites chapelles à l’extrémité de la nef sont créées dans le dernier quart du XIXe siècle. La première, dédiée à la Vierge est financée en 1874 par la famille Sellier-Delaforge pour commémorer la bénédiction de leur usine de tissage comme l’indiquent les vitraux commandés à l’atelier Latteux-Bazin. La seconde sous le vocable de Saint-Joseph est construite à l’initiative de la fabrique entre 1881 et 1883 (Évrard, 2009).

D’après les archives de la série O, la sacristie a été édifiée en 1888 par l‘entrepreneur Baticle à Breteuil. L’ancienne était trop étroite et en mauvais état.

Le clocher est une nouvelle fois restauré en 1903 grâce à des subventions du département (plaque commémorative en haut de l’escalier du clocher) puis en 1908 et 1911.

En 1988, la tour de clocher menace de s’effondrer et l’entreprise J.-M. Denis est retenue pour consolider l’ouvrage en l’étayant avant d’entreprendre sa restauration qui s’est étalée sur deux ans (Évrard, 2009).

L’édifice a fait l’objet d’importantes restaurations entre 2009 et 2019. Les couvertures ont été remplacées et des reprises de maçonnerie ont été réalisées. Les lambris du chœur ont été retirés à cette occasion et certains des vitraux du chœur ont été restaurés.