D'après des sources historiques, le village n'’existe pas avant le VIe siècle, le territoire étant couvert par la forêt. Le territoire a connu plusieurs noms de 827 à 1217, appelé successivement Fierinas, Filolinas, Feolinas ou encore Felinis. C'’est à la Révolution qu'il prend le nom de Flines-lez-Mortagne. Selon l’'étymologie, son nom se prête à deux interprétations, selon qu’'on lui accorde une interprétation germanique ou latine Flihen qui signifie "couler", car le village est situé à proximité de l'’Escaut ; Figulina qui signifie terre à poteries, métiers d'’argile car la terre de Flines est très argileuse et le village compta autrefois de nombreuses tuileries et panneries. La création du village remonterait au 9e siècle, lorsque Charles le Chauve (né en 823, mort en 877) donne le hameau de Legies aux religieux de l’abbaye de Saint-Amand-les-Eaux, par une charte en date du 23 mars 847. Les moines entreprennent sûrement le défrichement d’une partie de la forêt dont il ne reste plus aujourd'’hui que 242 hectares. L'appellation de Sars de Flines au Moyen Âge, permet de déduire aujourd'hui que le territoire de la commune a connu des défrichements durant cette période. En effet, Sars de Flines signifie "défrichement de Flines". Le village n'est cependant érigé en paroisse que vers le XIe siècle, son église étant longtemps la seule pour les territoires de Flines, Mortagne et Laplaigne.