Bouvignies est située dans la basse vallée de la Scarpe. Le village est délimité au sud par le bois de Bouvignies, voisin de la commune de Flines-lès-Râches, à l'ouest par le courant de Coutiches (pont Maurice) (ou ruisseau du pont Maurice) et le ruisseau du Pont du Houblon à l'est. Ces deux ruisseaux peuvent inonder le sud de la commune.

La comparaison du plan du 18e siècle avec les plans cadastraux successifs a permis de constater que la structure du village n'a pas évolué, seule la largeur des rues et drèves a été modifiée et les arbres bordant les chemins ont disparus à une date inconnue. Les rues existantes ont été densifiées essentiellement au 19e siècle par des maisons et fermes. La place publique, qui figure sur le plan de 1781, était un espace clos, qui servait au jeu de paume. En 1858 des parcelles de la place sont vendues et la rue de l'Eglise est créée (AD Nord, série O / 42).

Aujourd'hui, le village s'organise autour du noyau situé autour de l'église. Seuls quelques vestiges subsistent de l'ancien château : le colombier, devenu musée de la colombophilie, la porte de Douai et le logis de la ferme dépendant du château. Celle-ci abrite des services de la mairie. Un terrain de sport a été aménagé à l'emplacement de l'ancien château. La drève qui partait de la porte ouest du château porte aujourd'hui le nom de chemin Vert et est bordée de maisons anciennes dans sa première partie. Ce chemin rejoint aujourd'hui le calvaire. Le lieu-dit Les prés des Veaux, accessible par la rue du Marais, est un site archéologique où est situé l'ancien château médiéval.

De nombreux moulins ont existé sur la commune : le moulin du Vivier, près du Vieux Chastel, un moulin à vent (1446) au lieu-dit Champs du Moulin, qui a existé jusqu'au 18e siècle et a donné son nom à une rue, au lieu-dit Fief du Mont, une maison, transformée en moulin à vent et à vapeur en 1867, a été démontée en 1925, puis détruite en 1952, le moulin du Houblon, dont la base a été transformée en logis, le moulin en pierre des Trois Pucelles, le moulin rue de la Molière et le moulin des Arsins.