Ce deuxième entrepôt des tabacs du quai Freyssinet est construit en 1888 pour Constant Bourdon, riche négociant, sur une partie des 15 hectares de terrain de l'ancienne citadelle, qu'il avait acquis en 1833. Le bâtiment est postérieur d'environ 20 ans au premier magasin des tabacs (quai de la Citadelle), également construit pour Constant Bourdon en 1868 (IA00074951). Peu endommagé pendant les deux conflits mondiaux, l'édifice localisé alors à l'adresse du quai Freycinet, présente toujours une structure fidèle à son architecture d'origine.

Pendant le dernier quart du XXe siècle, l'État acquiert la Manufacture des Tabacs de Lille, et les entrepôts. Cédé au Seita en 1965, il appartient actuellement à la ville de Dunkerque qui projetait, à la fin des années 1980, de l'intégrer à un futur lycée technique. Le projet de réhabilitation, porté par l'agence d'architecture Archi-Studio, a finalement été modifié.

Lors de la création de l'Université du Littoral-Côte d'Opale en 1991, l'édifice a été intégré à la construction neuve qui occupe l'ilôt central de ce vieux quartier dunkerquois, et constitue le pôle universitaire. En 2024, l'ancien magasin des tabacs est occupé plus spécifiquement par la Maison de l'Étudiant, et l'ISCID (Institut supérieur de Commerce International).