Cette ferme, que les documents d'Ancien Régime nomment simplement "ferme de Fleury", est le principal élément constitutif de l'ancienne seigneurie du village. D'après l'acte de cession de cette terre au duc d'Orléans le 14 mai 1783, ce fief, jusqu'alors dans la mouvance des chartreux de Bourgfontaine à cause de leur fief de Marolles, aurait été détenu par des particuliers laïcs jusqu'au début du 16e siècle. Il aurait ensuite été adjugé le 26 juin 1531 au profit des chartreux, qui auraient depuis cette époque donné le domaine à bail, sans interruption. Rien de précis n'est connu sur la construction de cette grande ferme, que le style de ses maçonneries permet néanmoins de dater de la première moitié du 17e siècle.

En 1770, le duc Louis-Philippe d'Orléans (1725-1785) forme dans la forêt de Retz un vaste parc de chasse, enclos de murs qui enferment le village de Fleury à l'intérieur de cette enceinte. Conscients des complications variées que ce parc pourrait susciter dans la gestion de leur domaine, les chartreux de Bourgfontaine acceptent en 1771 de céder au duc la seigneurie et la ferme de Fleury en échange des domaine et ferme de la Tour de Morienval. L'acte du 14 mai 1783, qui confirme le précédent accord, permet au duc de réunir l'enclave de Fleury à la forêt de Retz. La ferme est d'abord exploitée par un locataire. Mais un rapport, que Jérôme-Joseph Geoffroy de Limon - commissaire général des maisons, domaines et finances du duc - adresse au nouveau duc d'Orléans (futur Philippe-Égalité) à l'automne 1786, propose d'étendre la faisanderie du château de Villers-Cotterêts en la transportant dans la ferme de Fleury. La plaine voisine doit alors recevoir des plantations de diverses céréales, pour permettre le fonctionnement de la nouvelle faisanderie. Cette suggestion du comte de Barbançon, capitaine des chasses, est approuvée et suivie de travaux en 1787-1788. L'existence de cet établissement onéreux, condamné par la Révolution française, allait être fort brève.

Le 31 décembre 1790, Jean-Chrysostome Danré, laboureur à Faverolles, Nicolas Rousselle, entrepreneur de bâtiments et Nicolas Goda, maître charpentier, effectuent la visite et l'estimation de la ferme, alors devenue bien national. Le procès-verbal de cette visite, centré sur les revenus et la valeur de la propriété, ne renferme malheureusement aucune description. L'exploitation, qui devait être adjugée le 21 mars 1791 au district de Soissons, l'est en réalité le 26 janvier 1793 et est acquise par un nommé Massiot, agriculteur à Noue.

Les bâtiments ont conservé leur destination première jusqu'à nos jours ou presque, et paraissent n'avoir subi que peu d'altérations dans le courant des 19e et 20e siècles, témoignant ainsi de l'excellente conception de l'ensemble. Les modifications les plus facilement détectables portent sur l'emplacement et la taille des baies (portes et fenêtres), parfois déplacées et souvent agrandies pour répondre aux besoins d'une vie moderne et d'une agriculture en perpétuelle évolution. D'une comparaison entre les plans cadastraux de 1835 et de 1933, il ressort que le corps de bâtiment nord-est - abritant le logis - a été, au cours de cette période, étendu d'une construction qui le réunit à la grange, jadis isolée pour être préservée d'un éventuel incendie. Dans le même temps, les étables nord-ouest ont été allongées d'un bâtiment qui rejoint le colombier. Quelques transformations ont aussi été effectuées dans l'angle sud de la ferme. Vers 1970, un hangar destiné au bétail a été implanté au nord-ouest sur l'emplacement du jardin. Mais très récemment, la ferme semble avoir profité d'une restauration et d'un réaménagement, qui lui ont fait perdre quelques petites constructions jouxtant le pavillon sud et le pigeonnier, ainsi que le hangar, remplacé par un plus vaste, accolé cette fois contre l'élévation externe de l'aile sud-est.