D'après Ponthieux (1906), Appilly dépendait initialement de la paroisse Saint-Martin, comme Mondrescourt, Waripont, Estay et Héronval. L'église d´Appilly, attestée à partir de 1142, est érigée en paroisse en 1201. Elle dépendait du chapitre de la cathédrale et de l´abbaye de Genlis (donation faite par Hugues de Chauny en 1142). Elle comprenait une chapelle Saint-Pierre, dans laquelle sont inhumés Antoine Boisset, laboureur, et sa femme Marie Ledoux, en 1681, et une chapelle de la Vierge, dans laquelle est inhumé Antoine Roquart, meunier, en 1722. A la fin du 18e siècle, les seigneurs d'Estay y sont inhumés. Graves (1851) indique que la cure de Saint-Martin est devenue succursale de Mondescourt, en 1850. Il décrit l'ancienne église, qui comprend alors une nef "moderne", un chœur polygonal remanié, un transept avec deux grandes baies du 16e siècle et des lambris. Les sources conservées aux archives départementales (série O) signalent des travaux réalisés de 1839 à 1842 (reconstruction et exhaussement des murs des bas-côtés et d'une partie du pignon sud, nouvelle sacristie, déplacement du clocher, couverture et carrelage nef, charpente, menuiseries et chaire), sur les plans de l'architecte compiégnois Maintenay. Après la Première Guerre mondiale, l'église est reconstruite de 1921 à 1932, grâce à l'aide de la Coopérative de Reconstruction des Régions dévastées de l'Oise, obtenue en 1927. Elle s'accompagne de la translation du cimetière, en 1929. Selon le rapport de l'architecte J.-M. Auburtin (23 octobre 1923), l'église est réparable et "restituable à l´état d'avant-guerre". Les devis et plans sont dressés par l'architecte parisien Michel Baron.